宋庆龄儿科医学奖每年申请、评审、授奖一次。有关程序如下： 
    申报---初审---形审---同行专家评议---专家评审综合评审---报管委会---公示---公布---颁奖大会
    （1）申报：从2005年10月开始，凡符合申请条件的儿科医学研究成果，由儿科医学研究成果第一完成人按照规定格式的要求填写〈宋庆龄儿科医学奖申请书〉、且提供完整的技术资料和项目总结报告、主要论著及获奖证书复印件上报到其所在地区的卫生厅、局（妇幼、基幼、基妇）处。
    （2）初审：2005年的10月至11月31日各地的卫生厅局（妇幼、基幼、基妇）处进行“宋庆龄儿科医学奖”初审工作，可申报“宋庆龄儿科医学奖”的医学成果上报到宋庆龄基金会儿科医学研究奖励办公室。
    （3）形式审查：2005年的12月初的7个工作日，由宋庆龄基金会儿科医学研究奖励办公室完成形审工作，对不符合规定的推荐材料，通知推荐单位和申请人在2005年的12月26日以前补正，逾期不补正或者经补正仍不符合要求的，不提交评审。
    （4）同行专家评议：经形式审查合格的材料，可以在2006年的1月上旬至2月18日进行同行专家评议。参加同行评议工作的专家，由宋庆龄基金会儿科医学研究奖励管委会的评审专家库中遴选，申请鉴定单位不得自行推荐和聘请。宋庆龄基金会儿科医学研究奖励办公室在确定参加评议工作的专家名单时，应事先征得专家的同意。
    同行专家评议以函审形式对所推荐的候选人及其项目进行评议；并出示评议报告。
    (5)专家评审委员会综合评审：2006年的2月19日至3月5日前进行综合评审，并以投票表决方式产生评审结果。参加综合评审工作的专家是由胡亚美院士为主任的、张金哲院士等20位专家组成的专家评审委员会中三分之二的专家组成。
    (6)公示综合评审结果：宋庆龄儿科医学奖实行异议制度，接受社会监督，以保证科技奖励的科学性和公正性。 宋庆龄基金会儿科医学研究奖励办公室在综合评审工作结束后，向社会公示宋庆龄儿科医学奖的综合评审结果，征求社会各界的意见。综合评审结果自2006年的3月10日开始公示，为期10天的宋庆龄儿科医学奖的异议期，以邮戳为准。
    (7)审核和批准：2006年的4月15日前管委会对评审结果做出最终的确定批准。宋庆龄基金会儿科医学研究奖励基金管委会对专家评审委员会评出的获奖人选、项目的结果，进行审核批准。
    (8)颁奖：2006年的5月召开颁奖大会，宋庆龄儿科医学奖由宋庆龄基金会儿科医学研究奖励基金管委会主任签署并颁发证书、奖章奖杯和奖金。 

                                         宋庆龄基金会
                                   儿科医学研究奖励基金办公室
                                       二零零五年十月十日